Ebeveynleri gibi, kendisi de ayrımcılık karşıtı çeşitli derneklerde çalıştı. Şubat 1961’de, eyalette siyah öğrenciler için eğitim veren birkaç üniversiteden biri olan Alabama Tarım ve Mekanik Üniversitesi’ne kaydoldu. Akredite bir derece almak için, Alabama Üniversitesi Ticaret ve İşletme Fakültesi’ne başvurdu. 

Bu başvuru sonrası Malone ve ailesi, devlet görevlisi olduklarını iddia eden iki beyaz adam tarafından ziyaret edildi. Üniversite başvurularının beyaz topluluk tarafından kışkırtılmış bir misilleme ile karşılanacağını ve ailenin korumasız olduğunu söylediler. Güvenliğine yönelik böylesi bir tehditle karşılaşmış olmak dahi Malone’un üniversitedeki entegrasyona destek vermeye devam etmesini engellemedi ve Alabama’da Muhasebe dalında derece almak için başvurusunda ısrar etti. İki yıl süren müzakere ve mahkeme işlemlerinden sonra o ve James Hood’a Bölge Mahkemesi emriyle üniversiteye kaydolma izni verildi. Hood’la birlikte Alabama Üniversitesi’ne kabul edildiğinde Malone 20 yaşındaydı. 11 Haziran 1963’te Amerikan Başsavcısı Katzenbach, federal görevlilerle dolu üç arabalık bir konvoy eşliğinde Malone ve Hood’un üniversiteye kaydı için onlarla birlikte Alabama Üniversitesi kampüsüne geldi.

Vali Wallace, Malone ve Hood’un üniversiteye girmesini engellemek için kapıda bekliyordu. Wallace, eyalette ayrımcılığı sürdürme sözünü yerine getirmek niyetindeydi. Malone ve Hood bir arabada beklerken, Katzenbach ve küçük bir federal görevli ekibi, Malone ve Hood’un eyalet mahkemesi emriyle üniversiteye kaydolmalarını sağlamak ve Wallace’ın kenara çekilmesini talep etmek için Wallace’la görüştüler. Wallace sadece emri reddetmekle kalmadı, Katzenbach’ı da reddetti. Kendisini çevreleyen medya kalabalığının önünde, devlet egemenliği hakkında kısa, sembolik bir konuşma yaptı ve yaşanan olayı “Alabama Üniversitesi kampüsüne istenmeyen, hadsiz ve zorla girilen izinsiz saldırı…” olarak tanımladı.

Wallace’ın engellemesi üzerine, Malone, Hood ve onlara eşlik eden görevliler dört buçuk saat üniversite kapısında beklemek zorunda kaldılar. Wallace, mahkeme kararına meydan okuyan ikinci bir bildiri daha okuduktan sonra hızlı bir şekilde üniversitenin önünden ayrıldı. Wallace’ın geri adım atmayacağını gören Katzenbach, Cumhurbaşkanı John F. Kennedy’nin yardımını istedi. Başkan Kennedy aynı gün Alabama Ulusal Muhafızlarını vali yerine Başkanın emrine verdi, böylelikle Malone ve Hood okula kayıt olabildiler. Vivian Malone iki yıl sonra İşletme alanında lisans derecesi alarak Alabama Üniversitesi’nden mezun olan ilk siyah oldu.